نام مبارک امام پنجم (ع)محمد است . لقب آن حضرت باقر يا باقرالعلوم بوده ،بدين جهت که : دريای دانش را شکافت و اسرار علوم را آشکارا ساخت . القاب ديگری مانند شاکر و صابر و هادی نيز برای آن حضرت ذکر کرده اند که هريک باز گوينده صفتی از صفات آن امام بزرگوار بوده است .
کنيه امام " ابوجعفر " بود .

 مادرش فاطمه دختر امام حسن مجتبی ( ع ) می باشد . بنابراين نسبت آن حضرت از طرف مادر به سبط اکبر حضرت امام حسن ( ع ) و از سوی پدر به امام حسين ( ع ) مي رسيد . پدرش حضرت سيدالساجدين ، امام زين العابدين ، علی بن الحسين ( ع ) است .
تولد حضرت باقر ( ع ) در روز جمعه سوم ماه صفر سال 57هجری در مدينه اتفاق افتاد . در واقعه جانگداز کربلا همراه پدر و در کنار جدش حضرت سيد الشهداء کودکی بود که به چهارمين بهار زندگيش نزديک مي شد .
دوران امامت امام محمد باقر ( ع ) از سال 95هجری که سال درگذشت امام زين العابدين ( ع ) است آغاز شد و تا سال 114ه . يعنی مدت 19سال و چند ماه ادامه داشته است .

مسموم شدن امام باقر(عليه السلام) 
آنچه مسلم است اين است که امام باقر( عليه السلام) با طرح مرموز ومخفيانه هشام بن عبدالملک ، مسموم شد وبه شهادت رسيد، ولي عامل وچگونگي آن به روشني مشخص نيست .

امام باقر (عليه السلام) در بستر بيماري
کليني به سند صحيح  از زراره روايت کرده است که گفت روزي از حضرت امام محمد باقر (عليه السلام) شنيدم که فرمود :
درخواب ديدم که برسرکوهي ايستاده ام ومردم ازهرطرف آن کوه به سوي من بالا مي آمدند چون مردم بسياري دراطراف آن کوه جمع شدند به ناگاه کوه بلند شد ومردم ازهرطرف آن فرو مي ريختند ، تا آنکه جماعتي برآن کوه باقي ماندند واين اتفاق پنج مرتبه تکرارشد ، گويا آن حضرت اين خواب رابه وفات خود تعبير فرموده بود ، که بعدازگذشت پنج شب ازاين خواب به رحمت ايزدي پيوستند .
درکافي وبصائر الدَّرجات وسايرکتاب هاي معتبر روايت کرده اند که حضرت امام صادق(عليه السلام) فرمود :
که پدرم بيماري سختي گرفته بود وبيشتر مردم ازبيماري حضرت ترسيدند واهل بيت آن حضرت را به گريه درآمدند که امام باقر(عليه السلام) فرمود :
من دراين بيماري ازدنيا نخواهم رفت زيرا دو نفر نزد من آمدند وبه من چنين خبردادند پس ازآن بيماري صحت يافت ومدتي وسالم بود .
وبرای من زمين را بشکاف وگود کن زيرا که من فربه هستم ودرزمين مدينه براي من نمي توان لحد ساخت .
علت فرمايش حضرت آن است که زمينهاي مدينه سخت بودند به جاي آنکه قبر را به اندازه قد متوسط انسان گود کنند ، معمولاً براي قبر درآن زمينها لحد درمي آوردند يعني حفره اي به اندازه جسد درديوار قبردرسمت قبله درست مي کردند وچون امام صادق(عليه السلام) فربه وچاق بودند ودرديوار قبربه سختي جاي مي گرفتند ، لذا وصيت کردند که زمين را براي اين امر گود نمايند تا ايشان به آساني وبدون مشکل درقبر شريفشان جاي گيرند .
پس گفتم : اي پدر بزرگوار من امروز تورا ازهمه وقت سالم تر مي بينم وناراحتي درتو مشاهده نمي کنم حضرت فرمود : آن دونفر که درآن بيماري صحت وسلامت من راخبر دادند دراين بيماري به نزد من آمدند وگفتند : دراين مريضي به عالم آخرت رحلت مي نمايي وبه روايت ديگري فرمود :
که اي فرزند ، مگر نشنيدي حضرت علي بن الحسين (عليهما السلام) من را ازپس ديوار ندا کرد که اي محمد بيا وزود باش که ما انتظار تورا مي کشيم .
کليني به سند حسن  روايت کرده است که حضرت امام محمد باقر(عليه السلام) هشتصد درهم براي تعزيه وماتم خود وصيت فرمود .
وبه سند موثق  ازحضرت امام صادق(عليه السلام) روايت کرده است که پدرم گفت :
اي جعفر ازمال من براي ندبه کنندگان وقف کن که ده سال درمني درموسم حج برمن ندبه وگريه کنند ورسم ماتم راتجديد نمايند وبرمظلوميت من زاري کنند .
کليني به سند معتبر نيزروايت کرده است که چون امام محمد باقر(عليه السلام) به جهان باقي رحلت نمود ، حضرت امام صادق(عليه السلام) فرمود : که هرشب درحجره اي که آن حضرت درآن وفات يافته بود ، چراغ مي افروختند .
شيخ عباس قمي ميگويند : که درتاريخ وفات آن حضرت اختلافست و وفات ايشان درروز دوشنبه هفتم ذيحجه سال صدو چهاردهم به سن پنجاه وهفت سالگي درمدينه مشرفه اتفاق افتاد .
وفات ايشان درايام خلافت هشام بن عبدالملک بود وگفته شده که آن حضرت راابراهيم بن وليد بن عبدالملک بن مروان به زهر شهيد کرده وشايد به امر هشام بوده است .
قبر مقدس آن حضرت به اتفاق همگي دربقيع ، كنار قبر پدر وعم بزرگوار خود ، حضرت امام حسن (عليه السلام) قرار دارد .

التماس دعا